Nel “Bollettino Ligustico “ 1956 N° 1-3 il paese è indicato , insieme ad altri limitrofi, come sede di ritrovamenti di reperti di età romana di modesta entità ma che comunque fanno supporre la presenza di insediamenti romani omogenei sui due versanti , piemontese e ligure , della dorsale Antola-Carmo . Fino alla fine del Medioevo non si hanno documenti e testimonianze sulla storia di Fontanarossa sebbene nel cimitero del paese si possa ancora trovare l'antica chiesa di Santo Stefano costruita attorno all'anno Mille . 

Qualcosa di più sicuro si sa per epoche più recenti . Fontanarossa fu feudo dei Pallavicini e poi dei Malaspina , potente famiglia ghibellina. Nel 1361 il paese fu ceduto , insieme ad altre terre , a Galeazzo II Visconti , signore di Milano , ed in seguito passò ai Fiesch . Dopo il 1547 venne ceduta ai Principi Doria di Genova che la possedettero per secoli e vi costruirono il poderoso “palazzo” che esiste ancor oggi anche se senza l'imponente torrione che l'adornava ; esso fu per lungo tempo “Corte di Giustizia” con tanto di prigioni , trabocchetti , forca e ruota.

Da atti storici depositati presso l'Archivio di Stato di Genova si deduce che a Fontanarossa e precisamente in una sua frazione , le Ferriere , possa essere nata Susanna da Fontanarossa , madre di Cristoforo Colombo , come attesta anche un'iscrizione su marmo nel centro del paese .In un documento napoleonico della fine del XVIII secolo Fontanarossa è citata insieme a Orezzoli e Pregola quale confine di circoscrizione territoriale e civile. Nella storia recente il paese segue il destino delle vicende italiane ed emiliano - liguri in particolare : passò sotto il Regno di Sardegna , Regno d'Italia , Provincia di Pavia , Circondario di Bobbio , Mandamento di Ottone , Comune di Gorreto che nel 1924 passa sotto la Provincia di Genova ed infine Repubblica Italiana.Nelle guerre di indipendenza gli abitanti di Fontanarossa diedero il loro contributo all'Italia , uno di essi , Biggi Carlo , partecipò alla spedizione dei Mille con Garibaldi ; ben sette persone morirono nella Prima Guerra Mondiale ed una , Mangini Giacomo , nella Seconda. In quest'ultima guerra a Fontanarossa passarono partigiani e tedeschi , ci furono rastrellamenti , nel paese vennero nascosti ebrei perseguitati e prigionieri inglesi fuggiaschi per i quali i Fontanarossesi corsero rischi enormi ma ebbero modo di dimostrare il loro grande cuore . Nell'ultimo secolo molti abitanti sono emigrati sia verso il Nord America sia verso le più vicine Genova e Milano ma ovunque si sono distinti per le loro laboriosità , tenacia e capacità .Negli ultimi decenni il paese sopravvive soprattutto grazie al turismo che nel periodo estivo fa aumentare la popolazione di qualche centinaio di unità.